Cz.07 - Filogenetyka.pdf

(12899 KB) Pobierz
Ewolucja
7
.
FILOGENETYKA
Jerzy Dzik
Instytut Paleobiologii PAN
Instytut Zoologii UW
2018
termocykler do PCR
PCR
amplifikacja
Kary B. Mullis (1944–)
1984 udoskonalił PCR
polimeraza bakterii termofilnych
do naprzemiennego rozplatania nici
DNA i przyłączania
syntetycznych odcinków DNA
(primers) do krańców sekwencji
polimeraza DNA dobudowuje wtedy
dodane do roztworu trifosforany
deoksyATP, dCTP, dGTP i dTTP
wyższa temperatura nie niszczy polimerazy
Thermophilus aquaticus
DNA
sekwenator DNA
sekwencjonowanie
1976 reakcja Sangera: wstawienie
dideoksyrybozy (bez OH
-
na końcu 3’)
do nukleotydu blokuje wzrost nici DNA
kolejność
odcinków
DNA na żelu z
elektroforezy
jeśli do ddATP, ddCTP, ddGTP i ddTTP
dołączyć małocząsteczkowe związki
fluoryzujące, można równocześnie
rozpoznawać cztery nukleotydy w UV
procedura jest zautomatyzowana
automatyczne oznaczenia spektrofotometryczne
HOMOLOGIA
sekwencji
geny operonów białek rybosomalnych
(sequence
alignement)
homologia molekularna identyfikowana
na podstawie zgodności sekwencji
Barloy-Hubler
et al.
(2001)
ortologia między genomami
paralogia między współwystępującymi
genami – rezultat duplikacji genowej
seria pośrednich homologii może łączyć stany bardzo odmienne
FENETYKA
analiza zgodności cech
Robert R. Sokal (1926–2012)
sumowana jest liczba identycznych nukleotydów w
homologicznych pozycjach między każdą parą gatunków
uzyskuje się drzewo przez dołączanie do każdego węzła
po parze odgałęzień (neighbour
joining)
dodatkowe kryterium optymalizacji to najmniejsza możliwa
sumaryczna długość gałęzi drzewa (minimum
evolution)
podobieństwo niekoniecznie ściśle koresponduje z ewolucją

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin